失去了兖州(治今山东省郓城县西北),军粮己尽,袁绍派人来劝说想让曹操投靠他,让曹操举家迁到邺县当人质。
曹操本打算答应,但被程昱劝阻。
十月,曹操到达东阿。
兴平二年(195年)春,曹操袭击定陶(今山东定陶),济阴太守吴资保守南城,曹操攻之不下。
吕布率军前来,曹操将他击败。
夏季,曹操攻击巨野,吕布率军救援巨野,曹操击破吕布军,斩杀屯驻巨野的薛兰等人。
吕布会合陈宫,率领一万多人从东缗赶来,曹操令一半士兵藏于堤坝之内,一半在外诱敌。
吕布进军,曹操派轻兵挑战,双方交战后,曹操的伏兵出动,步骑并进,吕布大败,鼓车被曹操缴获,曹操一首追到吕布军营才返回。
吕布连夜逃走,曹操追击,又攻克定陶,分兵平定诸县。
吕布前往徐州投奔刘备,张邈与吕布同行,留张超驻守雍丘。
七月,因关中李傕、郭汜的火拼,汉献帝从长安东归。
八月,曹操围攻张超于雍丘。
十月,献帝正式拜曹操为兖州牧。
十二月,曹操攻破雍丘,张超自杀。
曹操夷灭张邈三族,而张邈在求救袁术的途中被部下所杀。
兖州自此平定,曹操又率军东攻陈国之地。
建安元年(196年)二月,曹操讨平汝南、颍川一带的黄巾军何仪、刘辟等部,献帝封曹操为建德将军。
六月,经曹操谋士董昭的劝说,献帝身边的将军杨奉等人表请拜曹操为镇东将军,袭父费亭侯之爵位。
建安元年(196年)七月,献帝回到洛阳,董承为牵制韩暹等跋扈的将领,又密召曹操来洛阳。
八月,曹操来到洛阳,奏明韩暹、张杨之罪,韩暹逃奔杨奉,因护驾之功被献帝特赦,于是曹操杀了侍中台崇、尚书冯硕、议郎侯祈,封董承等十三人为列侯,曹操本人亦领